Jak podaje dziennik „Polska”, w aktach umorzonego w 2009 r. śledztwa w sprawie ministerstwa rolnictwa są podsłuchy „bardzo prywatnych” rozmów ks. Jankowskiego. Mimo umorzenia śledztwa, materiałów z podsłuchów nie zniszczono.
Monika Lewandowska, rzeczniczka Prokuratury Okręgowej w Warszawie, potwierdziła, że w aktach tego śledztwa znajdują się stenogramy z podsłuchów operacyjnych dziewięciu osób, w tym ks. Henryka Jankowskiego. Jak podaje dziennik „Polska” w artykule pt. „Afera podsłuchowa”, od lipca do października 2007 r. ABW nagrywała rozmowy kilkuset osób. W kilkudziesięciu tomach umieszczono zapisy rozmów prawników, historyków, dziennikarzy, biznesmenów i osób pełniących funkcje publiczne. Podsłuchów, które nie wiązały się w ogóle z przedmiotem śledztwa, nie zniszczono. Prokuratura nie ujawniła ani tego, kto jeszcze był wtedy podsłuchiwany, ani dlaczego ujawniono takie działania akurat wobec ks. Jankowskiego.